Röntgentutkimukseen voidaan liittää myös varjoainetutkimus. Ruoansulatuskanavan varjoainetutkimuksessa potilaalle syötetään varjoainetta, jonka kulkua ruoansulatuskanavassa sitten seurataan tietyin väliajoin otetuilla kuvilla. Myös virtsateiden toimintaa voidaan tutkia varjoaineen avulla, mutta tietokonetomografiatutkimusten yleistyminen on vähentänyt tarvetta tälle tutkimukselle.