Anaalirauhaset tyhjenevät normaalisti itsekseen. Jos anaalirauhaset eivät kuitenkaan tyhjene itsekseen, eläinlääkäri voi tyhjentää anaalirauhaset vastaanotolla. Mikäli koiran anaalirauhasissa on jatkuva täyttymis- ja tulehduskierre, voidaan rauhaset poistaa leikkaamalla yleisanestesiassa.