Fysioterapiaa käytetään erityisesti tuki- ja liikuntaelimistön vaurioiden ja niistä johtuvien kiputilojen korjaamiseen tai virheellisen liikemallin oikaisemiseen. Fysioterapiaa hyödynnetään usein esimerkiksi nivelsairauksien, murtumien tai pehmytkudosvammojen hoidossa.
Ortopedisten leikkausten jälkeen fysioterapiaa tarvitaan, jotta koira oppii jälleen käyttämään kehoaan oikein. Koira sopeutuu hyvin helposti liikkumaan esimerkiksi vain kolmella jalalla koska on oppinut, että yhdessä jalassa on kipu. Vaikka kipu korjataan pois leikkauksella, ei koira silti välttämättä ala käyttää jalkaa. Tämä aiheuttaa lisäongelmia ja pitkään jatkuessaan tämänlainen kompensatorinen liikkuminen voi aiheuttaa esimerkiksi nivelrikkoa johonkin toiseen niveleen.